The operation method of the permeation flux in the membrane filtration device 8 is used for operating the permeation flux in a filtration processing part 12 by a membrane provided in a watering line 3 to equipment to be used, and performs sampling of data for operating the permeation flux at a timing stabilizing a filtration performance of the filtration processing part 12. 使用機器への給水ライン3に設けた膜による濾過処理部12における透過流束を演算する膜濾過装置8における透過流束の演算方法であって、透過流束を演算するためのデータのサンプリングを前記濾過処理部12の濾過性能が安定するタイミングで行うことを特徴とする。 - 特許庁