To provide a structure local alignment method by double dynamic programming algorithm that can properly align not only protein which can be analyzed by a conventional method and has a similar structure locally although the whole structure is not similar, but also protein in relation of circular permutation. 従来の方法で解析できた、全体の構造は似ていないが局所的に類似構造を持つ様な蛋白質だけではなく、サーキュラーパーミュテーションの関係にある蛋白質でも、適切にアラインメントできるダブル・ダイナミック・プログラミング・アルゴリズムによる構造局所アラインメント方法を提供する。 - 特許庁